馬丘比丘大概建造于公元1450年至公元1500年之間，不久后，印加帝國便被西班牙人摧毀。由于其所處位置偏僻，使得馬丘比丘在長達幾百年的歷史中都沒有被西班牙殖民者發現，它也因此免遭劫掠。

通過對這里發現的木乃伊做年代測定，人們發現馬丘比丘大致在十五世紀中后期由印加王帕查庫提所建。城中宮殿、神廟、祭壇、廣場、街道、水道、監獄、倉庫等一應俱全。以15世紀印加人的生產力和技術，他們如何將巨大的石塊運上絕頂山梁已經無從解釋，而這結構精密、龐雜繁復的城堡憑空而起，更是令人匪夷所思。

在馬丘比丘內看著名的遺跡太陽廟、印加之家、大廟、拴日石、三重門、谷倉、大磨盤、神鷹廟和中央廣場，內心應當是平靜的。現代的考古學者推斷，馬丘比丘并不是普通的城市，而是一個舉行各種宗教祭祀典禮的活動中心。在這里大部分挖掘出來的遺體都是女性，所以有人猜測，馬丘比丘是特地用來贍養婦女以供男人所需的城市。但事實上，從建筑的結構來看，馬丘比丘并不適宜居住。

印加人崇拜太陽，太陽神是他們最重要和崇拜的神靈，這從印加王都自稱為“太陽之子”上可見一斑。所以可以猜測，這些女人都是在祭祀典禮上敬獻給太陽神的“太陽神的處女”。城中最著名的是“拴日石”是一塊精心雕刻過的怪異巨石，據說印加人在每年冬至的太陽節時為祈禱太陽重新回來，會象征性地把太陽拴在巨石上，“拴日石”由此而來。