慈云寺﹐原名慈云庵，始建于明萬歷四十三年（公元1615年）。清順治十五年（1656）﹐清世祖福臨召當時的武康名僧玉琳進京﹐對之“慰勞優渥”﹐送居萬善殿﹐不時前往“臨訪道要”﹐“恨相見之晚﹐特賜號大覺禪師。”后又晉封“大覺普濟能仁國師”﹐名聞一時。康熙十四年（1675）﹐已近垂暮之年的玉琳國師只身云游﹐掛單于淮安府（今淮陰）慈云寺﹐八月十日說偈跌坐而逝﹐為佛法作了最后一次布施﹐以自己的肉身來興隆此一方道場。玉琳國師的肉身尚存﹐文革中被好心人掩埋﹐一時沒下落﹐現正在尋找﹐相信會有重現的一天。他是歷史上作為國師身份的僧人成就肉身的唯一。雍正十三年（1735）﹐清世宗以清江浦慈云庵為大覺圓寂之所﹐詔撥淮關銀照大叢林式興建﹐置香火地﹐命內務大臣﹑淮關監督年希堯督建此寺﹐欽賜《慈云禪寺》匾額﹐改庵為寺﹐至乾隆四年（1739）大功告成。建有鐘﹑鼓二樓﹐東﹑西牌樓，上書為朕親臨﹐文官下轎﹐武官下馬。殿院前后五進﹐依此為山門殿﹑金剛殿﹑大雄寶殿﹑藏經殿﹑國師殿。大山門上懸掛著雍正皇帝欽賜匾額﹐殿內佛像莊嚴﹐殿宇華麗壯觀﹐寺內花木蔥郁。其后﹐又屢蒙皇帝賜紫衣袈裟﹑賜藏經﹑傘蓋經﹑玉如意﹑藤杖面等﹐遂名躋江淮﹐成為大叢林。乾隆帝曾二度于南巡時到寺內瞻禮﹐欽賜匾額《慧照常圓》﹐  并留下詩文《慈云寺瞻禮》﹑《慈云寺瞻禮迭庚子詩韻》……