瞿曇寺院依山傍水，總體布局為一長方形，占地1.5公頃。雖歷經600余年，該寺古風猶在，被譽為“樂都小
故宮”。
瞿曇寺是一座喇嘛教寺院。據寺碑記載：明代以前，在樂都縣
南山坳里背山面水的地方就建有廟宇。明洪武二十六年（1393年），因寺院主三羅藏擁護明朝，朱元璋皇帝御賜題為“瞿曇”的金匾。從此，這座廟宇便定名“瞿曇”。
十五世紀初的明永樂年間，朱棣皇帝又賜三羅藏之侄班丹藏卜“頂凈覺宏濟大師”頭銜，令其主持寺院，提高了寺院地位。經明朝洪熙、宣德兩代的擴建，使瞿曇寺有了較大的規模。寺院建筑基本采用漢式廟宇形制，高低錯落，氣勢雄偉。
瞿曇寺現存文物中最引人注目的莫過于“象背云鼓”了。那是一只石雕臥象，背上托起木雕的疊云，疊云架起一面真鼓，石象回首顧盼，鼻卷蓮花，那神態似乎在告訴人們：云中的鼓聲如雷，大雨將至了。
金剛殿是前中后殿的分界和過道，面積約110平方米，采用梁柱結構，不施斗栱。瞿曇殿居中院前部，面積為170平方米，平面布局。前設有比較深的半敞式抱廈三間，而其他三面則為封閉式回廊，是比較典型的喇嘛寺院的格局。
寶光殿居中院后部，面積約400平方米，左、右、后三面砌磚墻，四面圍明廊。隆國殿在后院，又名大持金剛殿，和瞿曇寺殿、寶光殿在同一條中軸線上，是全寺最高大壯麗的建筑，面積約900平方米，殿前設有帶罩壁式欄桿的敞式平臺，四周皆設明廊。
瞿曇寺的四角有香趣塔四座，塔高9米，長、寬各約5米。半壁式畫廊從金剛殿左右兩側起，分經大小鐘樓和鼓樓，直連隆國殿兩側，形成環抱之勢。畫廊共有50余間，面積近400平方米，其中28間布滿了巨幅彩色壁畫，堪稱寺內最為珍貴的藝術品，它是用連環畫的方式描繪釋迦牟尼一生的故事。場面宏大，畫藝精湛，為瞿曇寺一絕。
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