扎如寺屬“本波”教，歷史上屬“奔卡拉康”。“奔卡拉康”由本教創始人希饒彌沃且的骨系、希升貢燦旺登后裔章松尼瑪塔朵活佛約在公元900年創建。后經
西藏曼日一位堪布指點，在公元1573年，由21世奔卡旦增建參活佛把“奔卡拉康”遷移到扎如溝的寶鏡巖下，地名叫“然悟陶”，同時給寺院賜法名叫“然悟貢巴扎西彭措嶺”。
歷經22世奔卡郎達赤忠、23世奔卡旦增龍珠、24世奔卡澤旺龍珠、25世奔卡登巴達基、26世奔卡龍珠旺杰、27世奔卡登增旺杰等世系活佛繼承。到28世奔卡仁青建參和29世奔卡尤中次珠活佛繼承時，已籌集了大量的資金，對寺院逐步進行了大規模的改建和擴建，曾派增人到
青海、西藏等佛教圣地取經學習，采購裝飾物、金頂、金幢、金寶輪、護法獸、末尼寶、凈水寶瓶、金剛杵、***、唐卡等各種法器，以及佛像、經書等，寺院已形成較大的規模。
到50年代，寺院占地面積為15200平方米蕆10350方米，寺院擁有大小經堂多座，囊欽奔卡倉和盤興倉兩座，茶房、庫房、客房、藏經房各一座，增房六十余座。重要法器、文物有“能敘大仁估讓胸”及“自生金菩薩”、“自生金塔”、“舍利骨”等；另有金頂、金輪、金塔、金幢金法獸等，佛祖塑像大小一百多個，有千佛菩薩、壁畫、唐卡、蟒筒、銅號、嗩吶、凈水壺、末尼寶、金剛杵、鼓、鑼 、缽、銅燈具等。有佛經“甘珠爾”等經書三百多卷；大小經輪五百多個，佛事活動和神舞中使用的各種法器法具近70件，整個財產上億元。有僧侶129人，“杜旦”5人，活佛2人（三十世奔卡桑吉次忠和盤興澤覺），信教村寨四十多個，信教群眾六千余人。每年舉行6次佛事活動，即：“良美都欽”、“久根欽”、“麻芝助欽”、“郎介冬確”、“顧朵”和“依當格朵”。解放后民族地區土地改革時，黨和國家對寺院采取了保留并加以保護的政策。1956年，
阿壩州藏區發生反動上層的叛亂，將南坪白河藏區寺院的房屋和主要文物法器破壞，剩余的房屋和財產在十年浩劫中作為“四舊”切底毀滅。1970年，在“農業學大寨”中推倒殘墻開墾為農田，并改造成果木圓。
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